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很早前就遇到过种情况，当时推测是AI存的文件有两部份内容（AI存PDF时有个保留 Illustrator编辑功能，存AI时有个创建PDF兼容文件，当选项不选择时，存的PDF文件AI无法再次打开，存的AI文件PDF无法打开），一部份是PDF用，一部份供AI调用，当存出来的文件在其它PDF编辑软件修改过后（只修改了PDF部份），AI打开时调用AI部份，就造成AI打开和PDF开内容不同。纯属个人推测。